A via metabólica maioritária (1) é responsável pela conversão de 60-80% do ácido cianídrico absorvido em compostos menos tóxicos, como o tiocianato, através da enzima mitocondrial transferase de enxofre, a rodanase. O tiocianato é posteriormente excretado pela urina (2).

A via metabólica minoritária (3) de desintoxicação do cianeto envolve a reação com a cistina que produz os ácidos carboxílicos aminotiazolina e iminotiazolidina, que por sua vez, combinam-se com hidroxicobalamina (vitamina B12a) para formar a cianocobalamina (vitamina B12). Estes metabolitos resultantes são também excretados pela urina. Pequenas quantidades são também convertidas em dióxido de carbono ou excretado sem alterações como HCN (4), no ar expirado.

A rodanase converte o ácido cianídrico em tiocianato, transferindo um átomo de enxofre, proveniente de um dador de enxofre, tal como a glutationa, o tiossulfato e a cistina. A rodanase está distribuída amplamente por todo o organismo, permitindo maximizar o processo de conversão. Deste modo, tem um papel importante no metabolismo de primeira passagem, quando ocorre uma exposição oral e inalatória. O metabolismo do ácido cianídrico pela rodanase exibe uma cinética de ordem zero, que está dependente da quantidade existente de moléculas dadoras de enxofre.

Outra enzima que converte o ácido cianídrico em tiocianato é a mercaptopiruvato sulfurtransferase (MPST). Esta catalisa a transferência de enxofre para o ácido cianídrico a partir de tióis orgânicos. A MPST apresenta uma distribuição tecidual nas hemácias e nos rins, localizando-se tanto nas mitocôndrias como no citosol, o que a torna mais disponível para a conversão em tiocianato.

Embora a reação que ocorre entre o ácido cianídrico e a rodanase seja irreversível, o tiocianato pode converter-se novamente em ácido cianídrico e em sulfato, pela ação da enzima tiocianato oxidase (5), que está presente nos glóbulos vermelhos, linfócitos, glândula mamária e tiroide. Por outro lado, esta enzima origina um produto intermediário resultante da oxidação do tiocianato, o ião hipotiocianato (OSCN⁻), que reage com o ácido cianídrico para formar cianato (CNO⁻) (6). Posteriormente, o CNO⁻ é hidrolisado a amónia e dióxido de carbono (7).